Βίντεο: Τι είναι ένα αρχείο ευρετηρίου BAM;
2024 Συγγραφέας: Lynn Donovan | [email protected]. Τελευταία τροποποίηση: 2023-12-15 23:45
ΕΝΑ Αρχείο BAM (. μπαμ ) είναι η δυαδική έκδοση ενός SAM αρχείο . Ένα SAM αρχείο (. sam) είναι ένα κείμενο οριοθετημένο με στηλοθέτες αρχείο που περιέχει δεδομένα στοίχισης ακολουθίας. Ευρετηρίαση : Το IGV απαιτεί τόσο το SAM όσο και Αρχεία BAM να ταξινομηθεί κατά θέση και ευρετηριασμένα , και ότι το αρχεία ευρετηρίου ακολουθήστε μια συγκεκριμένη σύμβαση ονομασίας.
Ομοίως, οι άνθρωποι ρωτούν, πώς μπορώ να ανοίξω ένα αρχείο BAM;
Από το Αρχείο επιλέξτε το μενού Ανοιξε και επιλέξτε Αρχεία BAM από την αριστερή πλευρά. Κουμπί επιλογής στα δεξιά που λέει Προσθήκη α Αρχείο BAM . Πλοηγηθείτε στο ΜΠΑΜ Δοκιμή Αρχεία φάκελο που κατεβάσατε επιλέξτε with_index_with_graph. Κάντε κλικ Ανοιξε , επιλέξτε mapt.
Δεύτερον, πώς μπορώ να μετατρέψω ένα αρχείο BAM σε Fastq; Ακολουθούν τα βήματα για να μετατρέψετε το αρχείο BAM σε μορφή FASTQ. Αυτό θα λειτουργήσει σε Linux και θα απαιτήσει SAMTOOLS και BEDTOOLS
- Κατεβάστε το SAMTOOLS.
- Εξαγωγή χρησιμοποιώντας το Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Θα δημιουργήσει έναν φάκελο με το όνομα samtools-version.
- Μεταβείτε στον κατάλογο cd samtools-version.
Ομοίως, πώς μπορώ να μετατρέψω ένα αρχείο BAM σε αρχείο SAM;
Προς το μετατροπή SAM προς το ΜΠΑΜ , χρησιμοποιούμε την εντολή samtools view. Πρέπει να διευκρινίσουμε ότι η εισαγωγή μας είναι in Μορφή SAM (από προεπιλογή αναμένει ΜΠΑΜ ) χρησιμοποιώντας την επιλογή -S. Πρέπει επίσης να πούμε ότι θέλουμε η έξοδος να είναι ΜΠΑΜ (από προεπιλογή παράγει ΜΠΑΜ ) με την επιλογή -b.
Τι κάνει η προβολή Samtools;
Samtools είναι ένα σύνολο βοηθητικών προγραμμάτων που χειρίζονται τις ευθυγραμμίσεις στη μορφή BAM. Εισάγει και εξάγει σε μορφή SAM (Στοίχιση ακολουθίας/Χάρτης), κάνει ταξινόμηση, συγχώνευση και ευρετηρίαση και επιτρέπει την ταχεία ανάκτηση αναγνώσεων σε οποιεσδήποτε περιοχές. Samtools έχει σχεδιαστεί για να λειτουργεί σε ροή.
Συνιστάται:
Τι είναι μια διαδικασία σε ένα λειτουργικό σύστημα; Τι είναι ένα νήμα σε ένα λειτουργικό σύστημα;
Μια διαδικασία, με τους απλούστερους όρους, είναι ένα πρόγραμμα εκτέλεσης. Ένα ή περισσότερα νήματα εκτελούνται στο πλαίσιο της διαδικασίας. Ένα νήμα είναι η βασική μονάδα στην οποία το λειτουργικό σύστημα κατανέμει τον χρόνο του επεξεργαστή. Το threadpool χρησιμοποιείται κυρίως για τη μείωση του αριθμού των νημάτων εφαρμογής και την παροχή διαχείρισης των νημάτων εργασίας
Είναι ένα αρχείο TIFF ένα διανυσματικό αρχείο;
TIF – (ή TIFF) σημαίνει Μορφή αρχείου εικόνας με ετικέτα και είναι ένα μεγάλο αρχείο ράστερ. Ένα αρχείο TIF χρησιμοποιείται κυρίως για εικόνες στην εκτύπωση, καθώς το αρχείο δεν χάνει πληροφορίες ή ποιότητα όπως ένα JPEG. Είναι ένα διανυσματικό αρχείο που μπορεί να περιέχει κείμενο καθώς και γραφικά και εικόνες
Πώς μπορώ να μετατρέψω ένα αρχείο οριοθετημένο με καρτέλες σε αρχείο csv;
Μεταβείτε στο μενού Αρχείο, επιλέξτε 'OpenCSVTab-Delimited File' (ή απλώς πατήστε Ctrl+O) και, στη συνέχεια, από το ανοιχτό πλαίσιο διαλόγου, επιλέξτε το αρχείο οριοθετημένο με καρτέλες για άνοιγμα. Μπορείτε να αντιγράψετε τη συμβολοσειρά οριοθετημένη με στηλοθέτες στο πρόχειρο και στη συνέχεια να χρησιμοποιήσετε την επιλογή «Άνοιγμα κειμένου στο Πρόχειρο» (Ctrl+F7)
Πώς μπορώ να αλλάξω ένα αρχείο a.TXT σε αρχείο a.bat;
Μπορείτε να ανοίξετε είτε με ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου όπως το notepad, αν και α. Το αρχείο bat μπορεί να πρέπει να κάνει δεξί κλικ και, στη συνέχεια, επιλέξτε την επιλογή Επεξεργασία αντί για Άνοιγμα (Άνοιγμα σημαίνει εκτέλεση του κώδικα στο αρχείο bat). Μπορείτε να "Αποθήκευση ως" στο πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου όπως το σημειωματάριο, σε οποιαδήποτε μορφή, ορίζοντας ρητά την επέκταση
Πώς μπορώ να αλλάξω ένα αρχείο JPEG σε αρχείο JPG;
Μετατροπή JPEG σε JPG χρησιμοποιώντας Paint Ανοίξτε την εικόνα JPEG στη ζωγραφική. Μεταβείτε στην επιλογή αποθήκευση ως επιλογή κάτω από το μενού αρχείο. Τώρα επιλέξτε την επιλογή εικόνας JPEG και μετονομάστε το αρχείο εικόνας σας και προσθέστε. jpg στο τέλος του ονόματος αρχείου. Κάντε κλικ στην αποθήκευση, τώρα έχετε μετατρέψει επιτυχώς την εικόνα JPEG σε JPG